El IDEHPUCP apuesta por un enfoque de prevención, donde el objetivo de trabajo es el de promover una cultura de respeto que garantice los derechos humanos de los pueblos indígenas en actores clave, y fortalecer las capacidades de miembros de organizaciones indígenas. El Instituto realiza un conjunto de actividades que incluyen procesos formativos e investigación, pero también seguimiento y actuación sobre la materia, tanto a nivel nacional, como a través de los sistemas interamericanos y el sistema universal de protección de derechos humanos.