El Archivo de PESSCA está organizado en base a catorce colecciones de correspondencias de grabados europeos y su respectiva versión pictórica colonial. Cada colección agrupa las correspondencias en función a grandes temas como “El Antiguo Testamento”, “Jesucristo”, “La Virgen María”, o “La Santa Trinidad”, por mencionar solo algunos. Cada una de estas colecciones, a su vez, está estructurada por sub-colecciones, en función a sub-temas o sub-categorías referidas al tema general de la colección.