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Ítem Texto completo enlazado Herramienta para el análisis de diversidad conformacional en estructuras de proteínas repetidas(Pontificia Universidad Católica del Perú, 2024-08-16) Tunque Cahui, Ronaldo Romario; Hirsh Martinez, LaylaLas proteínas repetidas son conocidas por la característica particular de presentar repeticiones en su estructura y por ser un tipo de proteínas que se encuentran en organismos unicelulares y pluricelulares, por ejemplo, el organismo humano, las bacterias, entre otros. Desde hace ya algunos años, las proteínas repetidas han cobrado interés debido a que están relacionadas a enfermedades humanas y a aplicaciones en ingeniería. Además, esta clase de proteínas presenta una fuente fundamental de información para explicar la diversidad estructural contemporánea. Sin embargo, la comprensión de las proteínas repetidas con respecto a sus estructuras, funciones y evolución, representa un desafío considerable. Aunque desde un punto de vista estructural, es posible analizar las diferentes estructuras que una proteína cualquiera presenta en su estado nativo (análisis de diversidad conformacional). Una proteína cualquiera, dependiendo del entorno, puede adoptar una u otra conformación diferente. A este conjunto de estructuras alternativas se le denomina estado nativo de la proteína y los cambios de una conformación a otra se conocen como diversidad conformacional y es un ´ concepto clave para la comprensión de las diversas propiedades esenciales de la proteína como su función biológica, el origen de nuevas funciones, entre otras. No obstante, hasta el día de hoy, no hay registro ni publicación alguna que explique algún estudio de diversidad conformacional aplicado, específicamente, a las proteínas repetidas. Por ello, se busca plantear un método y una herramienta bioinformática que permita calcular, evaluar y visualizar la información de diversidad conformacional de este tipo de proteínas. Con la finalidad de que los investigadores relacionados al área de bioinformática y/o afines tengan a su disposición una herramienta de acceso libre que les permita evaluar las características de las proteínas repetidas y, a la vez, entender un poco más sobre la estructura, función y evolución de las mismas.Ítem Texto completo enlazado Rediseño de interfaz de un servicio web bioinformático de tipo herramienta aplicando instrumentos de diseño centrado en usuario(Pontificia Universidad Católica del Perú, 2023-05-04) Díaz Ponte, Johana Beatriz; Hirsh Martinez, LaylaSegún Bolchini y otros autores, la investigación en bioinformática requiere trabajar, compartir y manipular datos de forma más efectiva y eficiente en las herramientas que utilizan en el día laboral, por lo que la usabilidad de estas herramientas es un tema primordial (Bolchini et al., 2009). Es más, estos mismos autores mencionaron que existe una falta de evaluaciones de usabilidad formativas en estos servicios web bioinformáticos (Bolchini et al., 2009). En consecuencia, luego del análisis necesario, se ha podido identificar que existen servicios web bioinformáticos de tipo herramienta que no cumplen con estándares de usabilidad. En este proyecto se plantea resolver lo anteriormente mencionado, por lo que se tiene como objetivo principal rediseñar la interfaz de un servicio web bioinformático de tipo herramienta aplicando instrumentos de diseño centrado en usuario. Con este fin, se realiza una evaluación de usabilidad formativa de un servicio web bioinformático de tipo herramienta que consta de identificar los problemas de estos servicios mediante una revisión de literatura y con una evaluación de usuarios que utiliza el método de pensamiento en voz alta en un servicio web bioinformático. Además, se propone una entrevista a usuarios de servicios web bioinformáticos con el fin de encontrar puntos de dolor en estos servicios. Estos puntos de dolor permitieron definir perfiles de usuario y mapas de empatía como instrumentos de usabilidad para plasmar los puntos identificados. Por consiguiente, se propone un listado de requerimientos para el diseño de una interfaz de servicio web bioinformático. De manera que esto permita realizar el diseño de la interfaz de un servicio web bioinformático resolviendo los puntos de dolor identificados y haciendo uso de los lineamientos para el diseño de esta.Ítem Texto completo enlazado Implementación de una plataforma digital para el registro, procesamiento y categorización de datos relacionados a los perfiles de los sujetos de prueba, para estudios de metagenómica intestinal humana(Pontificia Universidad Católica del Perú, 2023-03-10) Carbajal Serrano, César Adrián; Hirsh Martinez, LaylaLa metagenómica es la ciencia que emplea el análisis genético directo de una población de microorganismos contenidos en una muestra ambiental, mediante la extracción directa y clonación de ADN (Thomas, Gilbert & Meyer, 2012; Singh, et. al., 2009). Uno de los focos de la metagenómica es el microbioma intestinal humano, debido a que desempeña un papel clave en la salud (Davenport et. al., 2017; Sekirov, 2010). En los estudios de metagenómica intestinal, se realiza un muestreo de las heces de los sujetos de prueba (Aagaard et. al., 2013), se secuencian los microorganismos que se encuentran en esta, se procesa esta información mediante herramientas bioinformáticas y finalmente los investigadores analizan los resultados obtenidos (Lloyd-Price et. al., 2016). Previamente al proceso de muestreo, se requiere recopilar los metadatos de la muestra (Kunin et. al., 2008), los cuales son datos de los sujetos de prueba que influyen en su microbioma intestinal. Actualmente, estos metadatos se recopilan y procesan de una forma manual, a modo de formulario físico, se almacenan de forma incompleta y no estandarizada, y requieren mucho tiempo para ser procesados y categorizados. Es por ello que, en el presente trabajo de fin de carrera, se busca proponer una herramienta digital que permita la recopilación, procesamiento y categorización de los datos de los sujetos de prueba. Estos datos, los cuales son de distintos tipos, serán recopilados de una manera uniforme en una base de datos, de tal manera que se preserven en el tiempo y los investigadores puedan reutilizar esta información en futuros estudios, sin tener que recurrir a volver a realizar el costoso proceso de secuenciación. Con el fin de resolver este problema, se diseñó una base de datos que almacene los datos de los sujetos de prueba, de una manera estandarizada. Utilizando las entidades y las relaciones identificadas en la revisión de la literatura, se pudo plantear un diseño de base de datos que permita la recopilación de los datos de los participantes. En ese mismo sentido, usando la base de datos planteada, se implementó una plataforma digital que permite gestionar estudios de metagenómica y recopilar los datos de sus participantes. De esta manera, se pueden almacenar los metadatos de las muestras a secuenciar de una manera digital, permitiendo a los investigadores revisar estos datos en un futuro. Finalmente, se identificó las funcionalidades necesarias para el procesamiento de los datos de los sujetos de prueba. Estas funcionalidades fueron implementadas en la plataforma digital, para poder permitir a los investigadores analizar estos datos de una manera rápida y sencilla.Ítem Texto completo enlazado Desarrollo de una herramienta para la predicción de estructuras terciarias de proteínas repetidas a partir de su estructura primaria(Pontificia Universidad Católica del Perú, 2023-02-06) Palomino Chahua, Solange Estrella; Hirsh Martinez, LaylaLa predicción de estructuras de proteínas es uno de los retos más importantes de la biología y la bioinformática (Lopes et al., 2019). Esta última es el campo de investigación que se apoya en la computación para analizar la información relacionada a las macromoléculas biológicas como las proteínas (Xiong, 2006). Las proteínas son moléculas esenciales compuestas por varios cientos o miles de aminoácidos configurados de forma secuencial, lo cual se conoce como estructura primaria (Xiong, 2006). Esta organización se va plegando espontáneamente hasta resultar en una conformación tridimensional diferente una de otra denominada como estructura terciaria, la cual es fundamental para determinar la función de la proteína y realizarla de forma exitosa (Xiong, 2006). Hay muchas razones por las cuales la predicción de estructuras proteicas sigue siendo una problemática vigente. Una de ellas es que, actualmente, es mucho más complicado obtener estructuras tridimensionales que secuencias de proteínas, por lo cual existe una brecha cuantitativa entre ellas, que crece exponencialmente (Deng et al., 2018). Además, la determinación de las estructuras tridimensionales sigue siendo una tarea que requiere muchos recursos económicos, computacionales y algunos no renovables, como el tiempo (Lopes et al., 2019). En adición, se ha evidenciado una significativa ausencia de criterios de usabilidad en el desarrollo de muchas herramientas informáticas relacionadas a la predicción de las proteínas (Paixão-Cortes et al., 2018). Esto conlleva al gasto innecesario de tiempo y esfuerzo de los usuarios que deben interactuar con interfaces difíciles de entender (Bolchini et al., 2009). Esta situación se replica en proteínas específicas como las proteínas repetidas, las cuales son grupos de familias de proteínas que tienen propiedades particulares como la existencia de unidades de repetición en su estructura (Hirsh et al., 2016). Estas proteínas son importantes dado que se sabe que se relacionan con muchas enfermedades humanas en su proceso de diagnóstico y porque dan pie al desarrollo de nueva medicina (Burley et al., 2021; Kajava & Steven, 2006). No obstante, debido a su complejidad, aún se requieren esfuerzos para estudiarlas en temas como la predicción de sus estructuras (MSCA & RISE, 2018). Por todo ello, este proyecto de tesis busca proponer el desarrollo de una herramienta dedicada a la predicción de estructuras terciarias de proteínas repetidas a partir de sus estructuras primarias, la cual deberá cumplir con lineamientos de usabilidad. Se espera responder a la problemática planteando una plataforma web que sea amigable para el usuario, que permita obtener resultados en tiempos aceptables y que utilice un algoritmo de predicción que aplique inteligencia artificial y sea eficaz respecto a la evaluación de alineamientos estructurales. En primera instancia, se evaluarán distintos algoritmos de predicción de proteínas en general, para luego seleccionar uno y adaptarlo a los requerimientos de los especialistas en proteínas repetidas. Con ello, se crearán servicios y rutinas de ejecución que permitirán predecir estructuras terciarias de proteínas a partir de diversos tipos de datos de entrada. Posteriormente, se construirá la interfaz gráfica de la herramienta, partiendo de la definición de estándares y el desarrollo de un prototipo de alta fidelidad. Finalmente, se integrarán ambos componentes para conformar la herramienta completa, la cual será valorada a través de diversas pruebas funcionales y una evaluación de usabilidad. Cabe mencionar que esta última se realizará utilizando una herramienta enfocada a la evaluación de herramientas bioinformáticas.Ítem Texto completo enlazado Desarrollo de un pipeline bioinformático que permite el ensamblaje y la anotación del genoma de la bacteria rickettsia asembonensis(Pontificia Universidad Católica del Perú, 2022-04-19) Arauco Alarcon, Ronie Paolo; Villanueva Talavera, Edwin RafaelEn las últimas décadas, el surgimiento y resurgimiento de las bacterias infecciosas se han convertido en amenazas de importancia para la salud pública. Este es el caso de la bacteria de la especie Rickettsia asembonensis -identificada en Asembo, Kenia- que, en los últimos años, ha sido detectada en pulgas (Ctenocephalides felis y Ctenocephalides canis), en regiones anteriormente no reportadas y en casos de síndromes febriles agudos inespecíficos. Este patógeno emergente -así como muchos otros- sigue siendo relativamente desconocido. Por lo que, se convierte en una necesidad sustancial no subestimarlo y expandir su estudio no solo epidemiológico, sino también relacionado a su biología molecular. En la actualidad, el esfuerzo científico a fin de incrementar la eficiencia de la obtención de la biología molecular de las especies a nivel global ha generado la aparición de tecnologías de secuenciación de última generación. En ese sentido, la gran cantidad de datos genómicos deben ser manipulados con técnicas bioinformáticas. Estas últimas, han permitido un mejor entendimiento y uso de los datos que generan las tecnologías de secuenciación. Siendo que, recientemente, la aplicación de protocolos y pipelines ha generado resultados favorables. En consecuencia, la aplicación de técnicas bioinformáticas con la finalidad de obtener la información genómica de la bacteria R. asembonensis representa una oportunidad para contribuir al conocimiento científico de este microorganismo. Por lo tanto, el presente trabajo tiene como objetivo principal el ensamblaje y la anotación del genoma de la bacteria R. asembonensis a través de un pipeline bioinformático, que hará uso de datos secuenciados de la pulga de la especie C. felis positivas para R. asembonensis, a partir de unas muestras recolectadas en un estudio llevado a cabo en la ciudad de Iquitos. El presente trabajo generará también un precedente y referente metodológico para otras especies de interés con la misma problemática.Ítem Texto completo enlazado Usabilidad en servicios web bioinformáticos(Pontificia Universidad Católica del Perú, 2021-06-15) Bezerra Brandao Corrales, Manuel Alberto; Hirsh Martínez, Layla; Pow Sang Portillo, José AntonioBioinformática es la aplicación de tecnologías computacionales y la estadística a la gestión y análisis de datos biológicos como lo son las secuencias de ADN y de proteínas (Can, 2014). En esta área se ha evidenciado una creciente necesidad de usabilidad en las herramientas utilizadas para la investigación, con el fin de conseguir un manejo adecuado de la gran cantidad de información que se utiliza (Bolchini et al., 2009). Además, actualmente es evidente la escasez de investigaciones sobre usabilidad en servicios web bioinformáticos (Bolchini et al., 2009). Es por ello que, en este trabajo de investigación, se busca proponer herramientas que permitan realizar evaluaciones de usabilidad y diseño de interfaces enfocados a las necesidades en servicios web bioinformáticos. Estos servicios presentan características particulares que los diferencian de otros tipos de software. Además, sus usuarios presentan necesidades distintas. Por ejemplo, las barreras de usabilidad pueden inhibir la satisfacción de la experiencia de usuario y forzar a los investigadores a desperdiciar tiempo y energía en realizar tareas cotidianas en sus trabajos (Bolchini et al., 2009). Con la finalidad de atacar esta problemática, en este proyecto de fin de carrera se ha realizado la identificación del instrumento y el método de evaluación de usabilidad idóneos a aplicar en servicios web bioinformáticos, revisando literatura y comparando las principales características de métodos que ya han sido utilizados en este tipo de servicios. Con estos, se realizó una evaluación en el servicio web bioinformático del tipo recurso de datos Pfam (El-Gebali et al., 2019). Se realizó un análisis para enfocar el instrumento elegido a este tipo de servicios y se propusieron ajustes a este. Con el instrumento ajustado propuesto, se realizó nuevamente una evaluación de usabilidad al servicio mencionado anteriormente y se realizó una comparación de los resultados obtenidos. Además, por medio de entrevistas a usuarios de servicios web bioinformáticos y los resultados obtenidos en este trabajo, se propuso una clasificación de usuarios basado en el nivel de experiencia de estos usuarios. Se elaboraron instrumentos de usabilidad como perfiles de usuario y mapas de empatía para cada una de las categorías. Finalmente, se propusieron lineamientos para el diseño de interfaces de servicios web bioinformáticos, los cuales fueron aplicados a una funcionalidad del servicio de información sobre familias de proteínas, Pfam (El-Gebali et al., 2019).